俗称TDPは多くの場合、直ります。やりすぎたSEOを一つ一つ戻していけばOKです。あとヤフーの一時的なバグと言う可能性もあります。何日も戻らないのであればバグではありませんけど。多いのがキーワードのつめすぎ、キーワードの分散、自己演出の被リンクの付けすぎ、その他もろもろです。一度専門家（信頼できる、信頼できない上に高額な企業が多いので）にお願いすれば良いかと思います。
サブドメインとドメインの関係について、悩まれている方が多いように感じます。私の場合サブドメインは使わずにディレクトリの形に仕上げるのでサブドメインの有効性について正確な事が言える訳ではないと思います。ですがこれまでにサイト診断をしてきた経験で言えば、それぞれのドメインが独立した形になっていればＳＥＯ的に有効と思います。
もちろん価値は十分にあります。ＩＰアドレスのＣクラスでの分散などを唱える人もおられますが、相互リンクの場合にはそこまで気にする必要は無い、と私は考えています。ペナルティが付いていると判断できる場合には相互リンクを受け付けない方が良いですが、本当の意味でペナルティを受けているサイトを見分けるのは難しいですよ。
URLが分らないのでこれ以上は何とも言えません。立ち上げたばかりのサイトの場合、ヤフカテ登録をすると、すぐにメインキーワードで上位表示されますが、その後すぐに落ちるのが普通です。その理由ですが、ヤフカテ登録をするとhttp://picks.dir.yahoo.co.jp/dailypicks/などのページに表示されます。要するにこのページからのリンクがあるので上位表示されます。
ですが新しいサイトがどんどん増えるので結果的に下に追いやられ、終にはページには表示されなくなります。だから圏外に飛んだ、と言う認識をもたれた可能性もあります。アメリカヤフーで1位表示でも、元々の想定されている言語、及び想定されている国が違いますのであまり意味は有りません。単純にスパム判定されているか、どうか？ をチェックする程度ぐらいの意味しか有りません。
ちなみに今年の初めくらいとありますが、1月25日頃の話でしょうか？ その頃だとヤフーのアルゴリズムが変った時期ですので、その際に順位が落ちた可能性はあります。この時期ではない場合、ヤフーに嫌われている可能性は高くなります。
サイトコロンで35番目との事ですから、多分、俗称TDPという可能性が高いでしょう、早い段階（時期）であればそれなりに対応が出来ますが、既に2ヶ月以上経っていますので回復は難しいかもしれません。ただ俗称TDP、TDPと分っていないのに騒ぐ人が多いのも現実で、正しい（と思われる）SEOを施していない人が多いのも事実です。正しい（と思われる）SEOを施していれば俗称TDPに陥る事はありません。